这部动漫外面穿的是机甲外壳，内衬的是宗教底衫，本质是在讨论心理学问题。全篇的核心可以归结为下列几个问题的讨论：
人需不需要存在的意义；
人需不需要互相之间完全理解；
自我封闭是否是应对外界压力的合理方式。
我认为这是困扰着庵野秀明这个死宅前半生的几个大疑问。他封闭自己思考了四年后用《EVA》这部动漫阐述了自己对这几个问题的回答：
“否”；
“否”；
“否”。
下面我试图梳理整个故事的脉络并解释里面的一些概念，这是我自己对这部漫画的个人理解。不同的人对这部漫画会有不同的解读，如果你与我的理解不同则不必苟同，欢迎讨论，拒绝喷粪。
1，创世：
创世神制造了两个地球智慧生物的始祖－－亚当和莉莉丝，作为地球的主人。
亚当先来到地球，开始繁衍后裔－－使徒。亚当后裔的特点是数量稀少，但拥有强大的生命力和完整独立的心智。因为使徒拥有完整独立的心智，故自身的成长不会基于其他智慧体施加的外来影响；因为生命力强大，故其物理存在可以凌驾于外界环境（可以在岩浆／深海／太空中存活和行动）。
莉莉丝后一步来到地球。莉莉丝落地时引发的爆炸被称作“第一次冲击”。第一次冲击的结果是让当时已经在地球生活的亚当和他的子嗣陷入休眠。莉莉丝其实是用这种方式抢夺了地球的支配权。人类是莉莉丝的后裔。人类的特点是数量巨大，但物理强度低而且精神层面容易受到外界影响。
两个始祖均通过无性繁殖产生各自的第一代后裔，后裔之间相互独立。
2，A.T field，S2机关
在解释这两个定义前先阐述《EVA》中的一个设定，即生命体的力量包含有精神力和生物力。精神力来源于灵魂，生物力来源于物质。精神力使得灵魂能够汇聚物质并保持物理形态，生物力则提供给生物得以维持生命的能源和恢复力。
精神力在动画里被描述为“A.T field”。使徒灵魂强大的A.T field会让个体的灵魂达到绝对的独立，在精神层面不会依赖于外界。人类薄弱的A.T field则导致个体灵魂勉强维持独立，表现在个人在情感上对其他人有需求和依赖。人类A.T field薄弱到一定程度时个体的内心会感到欠缺支持自我存在的内在理由（会对外界的理由有强烈的需求，比如“我是所有个体中最优秀最有理由存在的”“别人认同我的存在”“别人需要我的存在”，这几种情况出现的原因，表现和后果分别在明日香和碇真嗣身上进行了讨论），在此基础上继续减弱A.T field则会导致个体的灵魂无法维持自己的物理形态（溶解于LCL）。简而言之A.T field就是个体的灵魂维持个体灵魂独立和维持自身物理存在的力量。精神力强大到一定程度后会对生物体外的物质发生影响，体现在形成难以侦测和物理突破的结界，甚至能够把自己的精神力作用于其他物质和生命体。
个体灵魂汇聚起的物质所带有的生物力被称为“S2机关”。只有神创造的始祖以及自然繁衍的后裔会打娘胎里自带S2机关（因为是由灵魂自然汇聚起物理躯体），人工制作的始祖复制品（EVA）因为并不是由灵魂汇聚起的物质，不自带S2机关，但可以通过科技手段将S2机关导入。S2机关在不同生物体内的量不同，生物体因为S2机关含量的多少会有生物能强弱的差别。使徒生物能强大的本质是S2机关含量巨大，人类物理性质脆弱的本质是S2机关含量微小。人类的S2机关虽然足以提供维持自身机体驱动的能量，但很难被提炼并用于人工制作的始祖的复制品，即EVA。但初号机在吞食了力天使之后获得了能够激活自身的生命力，成为可以自主活动的使徒级别的生物体，初号机自此从需要外接电源供能的生物机械混合体变为纯生物体，使得初号机成为碇源堂后期违抗SEELE指令的本钱－－SEELE无法通过掐断初号机能源轻易俘获这一莉莉丝复制体完成补完计划。
但SEELE受初号机吞食力天使的启发，利用之前捕获的昼天使的完整样品提炼出的大当量的S2机关，成功用于EVA量产机肉体使之获得生命力。故EVA量产机也不再需要外接电源，并且可以自行修复损伤。SEELE最终通过9台同样拥有S2机关的量产机完成了对初号机的捕获，启动了人类补完计划。（SEELE在初号机吞食力天使之前，曾在美国NERV的内华达基地内自行试验EVA搭载S2机关，但引起爆炸，导致美国NERV分部和四号机的毁灭）。
通过精神力和生物力的概念可以解释下面的几个情况：
- 使徒即拥有强大的精神力又拥有强大的生物力，故使徒物理性质强悍，也能展开强大的结界，个别使徒甚至能够通过放射精神力对其他生命体／物体进行侵蚀和支配；
- 始祖肉体复制品（EVA）既不具备精神力又不具备生物力，但是因为某种原因它们可以扩增融入EVA的精神力和生物力（扩增生物力需要插入栓功能障碍）导致可以自由活动。水天使之战初号机在碇真嗣昏迷但是有电源时在碇唯灵魂支配下可活动并展开A.T field；初号机与夜天使战斗中被吞噬的初号机插入栓电量衰竭，之后初号机短暂获得生物力，无电启动从内部撕碎了夜天使；初号机与力天使战斗中出现插入栓破损，碇真嗣溶解后初号机具有了生物力，无电启动，并利用力天使的肢体复原了左臂；初号机吞食力天使之后，不再需要供电，因为碇唯灵魂融入的关系其实也不再需要驾驶员，故赤木律子说“人类已经无法控制那台EVA了”；
- 渚薰和绫波丽是亚当／莉莉丝的灵魂被置入到人体内，故生物力脆弱。但两者均具有强大的精神力。故渚薰可以在不进入二号机的情况下直接通过A.T field支配二号机（二号机是亚当复制体），绫波丽也在渚薰侵入最终教条区事件中展开了强大的A.T field隔绝了NERV对最终教条区的监控。NERV无法辨识绫波丽的A.T field是因为绫波丽的A.T field是莉莉丝系而不是亚当系，与所有的使徒（亚当系）的A.T field均不同，而同为莉莉丝系的人类的精神力在正常情况下根本检测不到（太弱了）。
3，冲击和生命之树：
精神力可以释放生物力，表现为爆炸。爆炸的强弱跟生物力强度呈正相关。因为始祖本体生物力能级巨大，故始祖释放生物力被称作冲击。
在始祖降世的容器内发生的冲击将引起始祖本体的再现。南极和第3新东京市的巨大天坑分别是亚当和莉莉丝降世时的容器，也被称作“白之月”和“黑之月”。
再现的始祖在短时间内得到生命之树则可以重生，生命之树再生需要两个系的生物力（能级至少为EVA水平）同时激活生命树残枝（朗基努斯之枪）。
两个系的一定能级以上的生物力融合，并且其中一个个体有灵魂时就会发生爆炸。
所以：
- 使徒可以引发一定规模的大爆炸；
- 使徒的目的是与亚当本体汇合，再现的亚当可以发动最大程度的爆炸，其级别等于莉莉丝降世时引发的爆炸，理论上会毁灭整个人类文明；
- 人类向休眠中的亚当本体注射人类细胞，满足两系生物力融合的条件，故引发大爆炸；因为是在白之月中，故亚当再现；但因为没有强莉莉丝系生物力，故没有出现生命之树，亚当在再现后没多久便退化为胚胎；
- 渚薰在NERV基地内本来试图引发的结局是亚当本体重生，为此他凑齐了亚当组件和生命树组件（朗枪会自行回归）。但他在洞悉了SEELE真实意图是引发莉莉丝重生后打消了此计划（在渚薰章节详述）。
4，人类社会的发展：
使徒也具有智慧，但使徒因为天生强大的精神力和生物力，无需依赖智慧生存（能以肉体在外太空自由行动谁还需要宇宙飞船）。而精神力和生物力均非常羸弱的人类只能选择智慧成为自己存在并繁衍下去的武器。科技则是人类开发利用这一武器的具体表现。人因为躯体和心灵的脆弱相互依赖，但每一个灵魂各自维持独立的A.T field却让心灵之间产生了不可弥合的隔阂，导致人跟人之间永远无法完全理解及信任，进而导致世界总是处于群体纠葛和互相防备之中，科技则在人类群体的这种纠葛和自我保护倾向中不断发展。片中对人类科技探索原动力的评价是“科学家并无道德可言，他们探索只是想让自己知道更多，知道得更多便更有话语权，其实只是为了获得低级别的快感而已”。
在人类社会的延续和发展过程中，人类先后发现了死海文书，在南极休眠的亚当和在日本休眠的莉莉丝。其中亚当和莉莉丝均休眠于巨大的地底空洞之中（白之月／黑之月遗址－－白之月和黑之月是亚当和莉莉丝各自降临地球时的容器）
人类发现了始祖，便想要通过始祖洞悉上帝创世的机密。在南极人类迅速开始了对亚当的研究。在对神毫无敬畏之心的无底线求知欲引领下，科学家在研究中向亚当注射了人的细胞，促成了死海文书中提到的亚当和莉莉丝的融合（人类是莉莉丝的后裔）。融合后剧烈的后续反应并未能如科学家期待那样被科技所控制，失控的反应引发的巨大爆炸被称为“第二次冲击”，爆炸及之后气候的改变导致大量人类的死亡，但因为科技的力量人类文明并未因此被毁灭；亚当在这次爆炸后因为能量的大量释放被还原成了胚胎形态。
5，使徒：
使徒是亚当的后裔，因为亚当和莉莉丝本为同源，故使徒本质上也是跟人类同源的生物。使徒们当年被莉莉丝导致的“第一次冲击”连带着自己的始祖亚当被炸晕了几十亿年，却被人类在亚当身上试验导致的“第二次冲击”给炸醒了。
死海文书预言使徒会在第二次冲击的十几年后苏醒，这十几年即为使徒觉醒并积累能量的时间。也许是因为亚当和莉莉丝在某种程度上是有仇的（莉莉丝通过“第一次冲击”用自己的后裔抢夺了亚当后裔在地球的支配地位），死海文书也预言了使徒对人类的攻击。
其实使徒并不是只是想靠各自的攻击消灭人类，他们应该是想用一种更彻底的方式终结人类对地球的统治。因为莉莉丝当年降临地球的时候制造了“第一次冲击”让他们丧失了在地球的支配性地位，故使徒的目的是与寻找亚当并与之融合，这样就能再生完整的亚当。新生的亚当会有能力制造跟莉莉丝当年同等水平的“冲击”来毁灭整个人类文明，就同当年莉莉丝抢夺亚当后裔在地球的统治地位的手段一样。
这就解释了为什么地球这么大，人类城市这么多，但使徒却总是攻击第3新东京市的原因。他们是被始祖的本体及复制体所吸引（亚当和莉莉丝的本体本身并无不同，使徒在近身之前无法清晰分辨）。除了第3新东京市之外，鱼天使选择袭击运载二号机的舰队，因为舰队内有亚当胚胎本体和亚当复制体二号机；霰天使选择拦截空运的亚当复制体三号机，此袭击导致三号机到货延迟2小时，袭击的结果是三号机被霰天使寄生，试验基地引起巨大爆炸。
6，人类补完计划：
世界政府的背后是由一个叫SEELE的宗教组织运作着。这个宗教组织运作世界是基于“死海文书”。
死海文书是圣经古卷，记载了创世的事情及将来人类文明的灭亡方式－－亚当和莉莉丝融合引起的爆炸导致地球被“系统还原”，融合后形成的神再重新决定地球生命体的形态和存在方式（重建伊甸园）。这个再创世的方式跟圣经中对世界末日的描述基本相符。之前人类对亚当的研究的背后即为SEELE组织，因为人类惧怕被毁灭，且人类存在的方式过于脆弱，在预言中必然被毁灭。故SEELE酝酿了“人类补完计划”，目的是让人类脱离目前脆弱的存在形式。
LCL溶液其实是始祖的溶解液，片中多次提到LCL溶液是“血的味道”。莉莉丝当初创造人类实际上就是先把自己的物质形态溶解，然后再把灵魂分离出无数个碎片，这些灵魂碎片从溶解液中汇聚物质，各自独立出来形成最初一代的“人类”。当时形成的海一样的溶解液即被称作“生命之海”。创世时溶解的残余部分是日本地下的“莉莉丝本体”（这个莉莉丝下肢断端还有好似正在分离一样的人的肢体）。莉莉丝本体内仍保存着没有被分散出去的灵魂做为莉莉丝自己的灵魂，这部分灵魂后来被人类通过科技手段抽取注入碇唯的克隆肉体成为了绫波丽的灵魂（绫波丽本质上是碇源堂为了控制莉莉丝灵魂的容器）。
SEELE的计划是让全人类所拥有的灵魂碎片重新在生命之海中聚合，所有的灵魂碎片融入莉莉丝本体重新形成完整的莉莉丝的灵魂，由此全人类都会作为新生的莉莉丝永远存在下去，也不会再拥有人与人之间的隔阂和误解。
具体操作方式是让莉莉丝系生物力（初号机）与亚当系生物力（量产型EVA）结合，其中的驾驶员的灵魂做为莉莉丝灵魂碎片的供体凑齐条件，引发第三次冲击。这个原理来自当年人类把自己的细胞打进有亚当灵魂的亚当躯体里造成的巨大爆炸。冲击会将第3新东京市的真实面目－－莉莉丝降临时的容器－－黑之月还原。
莉莉丝肉体将在这个容器内重生，并将全人类肉体LCL化，形成新的生命之海，其中的人类灵魂碎片则重新汇聚为莉莉丝的完整灵魂，达到莉莉丝完整体的再生。
爆炸后的亚当系生物力＋莉莉丝系生物力会通过朗基努斯之枪（生命之树残肢）再现生命之树，莉莉丝融合生命之树后将成为真正的创世神（符合圣经中上帝所说的“人类同时拥有智慧果实和生命果实即和上帝没有区别”），以此作为补完的终点。在SEELE最初的计划中，只有人类灵魂的总体－－莉莉丝的灵魂最后会保留在创世神内。EVA量产机只是提供亚当系生物力的存在；EVA初号机用于提供生命之树所需的莉莉丝系生物力；初号机驾驶员的灵魂作为启动冲击的引物。这也解释了在第3次冲击时SEELE“牺牲初号机驾驶员不完整的灵魂完成人类的补完”这一祷告。
7，NERV，EVA和插入栓技术：
NERV是SEELE的“人类补完计划”的具体执行部门。SEELE本来是隐藏在世界政府背后的组织，但为了执行这个高度机密的“人类补完计划”，SEELE专门建立了NERV这个直属机构。这个机构被SEELE赋予两个任务：1，完成人类补完计划，包括建造亚当复制体，莉莉丝复制体，寻找并回收朗基努斯之枪（生命树残枝）；2，在人类补完计划完成前确保人类文明不被使徒毁灭。
始祖的复制体被称作EVA，但EVA跟人造人一样本身不是活物，是既没有精神力又没有生物力的“僵尸”。为了操作复制体，科学家又开发了“插入栓”，通过把驾驶员浸入LCL溶液（始祖的溶解液），让驾驶员的灵魂得以与始祖肉体复制体融合。融合的情况被描述为“和EVA的同步率”。插入栓插入EVA越深，灵魂融入的程度越深；但为了让人类灵魂不被始祖的躯体完全吞噬，则必须要在达到一定同步率时停止，这个界限就是人灵魂和始祖复制体融合的界限，因人而异。同步率越高，对始祖复制品躯体的支配程度就越高，但过高的同步率则会导致人的灵魂完全融入这副躯体。故在这种“插入栓”操作中，在保留人独立意识的基础上同步率越高越好。这种理论下，驾驶员自己的内心越薄弱，灵魂的A.T field也就越弱，也就越容易与复制体达成更高程度的同步。所以选择的两个人类驾驶员都是幼年有过心灵创伤的“内心脆弱者”；第4个适格者是外表刚猛内心却温柔敏感的冬二；军官家庭背景，兵器基础知识丰厚，经常独自进行生存训练，并且内心非常想要驾驶EVA的剑介则始终没能被选为适格者，应该与他成熟，坚强的强大心智有关。绫波丽的灵魂则是莉莉丝本体的灵魂，可以适配所有莉莉丝的复制体，故初号机对绫波丽有兼容性。但因为二号机是亚当复制体，故绫波丽无法驾驶二号机，这也是葛城美里说二号机不具有（对绫波丽的）兼容性，不需要参与兼容性试验的原因。第5适格者渚薰是亚当灵魂被置入人类躯体，故能与亚当复制体二号机无缝融合。
插入栓技术在保证驾驶员的灵魂能与EVA进行一定程度的融合的同时，还有防止EVA融合驾驶员生物力的作用，EVA一旦获得驾驶员的生物力便可将其扩增，进而无电启动（暴走），故插入栓作为控制生物力泄漏的装置电能储备也要比EVA长得多（并不只是为了对驾驶员进行生命支持）。夜天使之战初号机插入栓电能耗竭后初号机便获得了碇真嗣的生物力，在经EVA扩增后使得初号机无电启动从内部撕碎了夜天使；力天使之战初号机插入栓破损导致碇真嗣溶解，初号机再次无电启动，并用力天使肢体修复了左臂，而这发生于初号机吞食力天使获得S2机关之前（力天使事件在碇唯章节详述）。
8，碇唯，冬月和明日香的母亲：
在研发EVA过程中，碇唯（碇真嗣的母亲）和明日香的母亲分别是日德两个分部的重要成员。
碇唯加入SEELE是因为她要制止使徒对人类的毁灭，这一点和SEELE目标相同。但碇唯并不想完成所谓“人类补完计划”，因为她坚信每一个人作为独立的个体，尽管不能完全相互理解，尽管个体脆弱需要群体支撑，但本身仍有存在的权利和意义，不能仅凭“SEELE”的意愿就要把所有人类个体存在的权利剥夺。她的底线是至少要守护自己孩子的生存的权利。故在日本EVA研究的重要节点－－初号机插入栓试验中，她作为插入栓内的“人类灵魂”主动与莉莉丝肉体复制体初号机进行了过度融合，NERV对她的营救以失败告终（因为她根本不想回来）。事件的结果是碇唯的肉体在插入栓LCL溶液中彻底溶解（但因为插入栓并未破损，初号机未得到生物力），碇唯的灵魂融入了EVA初号机的肉体，这一融合导致的结果是初号机的最佳适格者注定是碇真嗣，碇真嗣跟初号机的同步率高到科学家认为碇真嗣是天才，而初号机的灵魂为碇唯，初号机本质上成为了碇真嗣的私人保镖。
- 初号机在第一次使徒进攻和联合国军对NERV进攻期间都曾在未开机的情况下自主活动保护碇真嗣；
- 在与水天使和夜天使的战斗中，碇真嗣昏迷后本应down机的初号机亦均发生暴走击败了使徒，保护了碇真嗣。
但碇唯灵魂融入初号机的这一结果被除了冬月教授之外的所有人，包括碇源堂解读为实验事故。“碇唯是主动融入”这一事实只有冬月教授在事前被碇唯告知，冬月教授与碇唯拥有超越师生但止于倾慕的纯粹感情，冬月之后在NERV的工作表面上是认同SEELE的计划并配合碇源堂工作，实际上是为了确保实现碇唯的心愿。
碇唯融入初号机的目的除了利用初号机躯体保护碇真嗣之外，另一个重要目的就是在人类补完计划中保护碇真嗣灵魂的独立性。初号机在碇唯灵魂注入后即不再需要融合碇真嗣的灵魂，这样在最后再生生命之树时也就不再需要牺牲碇真嗣的灵魂（形成生命之树时与初号机融合的灵魂将回归莉莉丝，但因为碇唯灵魂的存在碇真嗣的灵魂不需要回归莉莉丝而是在新的始祖体内做为独立存在的灵魂），碇真嗣也因此有机会参与到第三次冲击后创世神的决策中（理论上只有亚当和莉莉丝的灵魂去决定后面地球的生命存在形式，结果最后多了个碇真嗣的灵魂在讨论组）。这也是冬月对碇真嗣能最终作为神主导灵魂再次分裂再创世抱有期待的原因。
顺便说一下，初号机与力天使战斗中电能耗竭down机，力天使的攻击导致插入栓受损。碇真嗣的灵魂和肉体在之后均被初号机融合，初号机获得并扩增生物力后无电启动，先是用从力天使身上撕扯下的组织复原了左臂，然后击败了力天使并将其吞食，自此获得了大量的S2机关，完全脱离对电能的依赖（吐出碇真嗣后依然具有生物力）。
碇真嗣在插入栓破损被动融入后，因为自己灵魂回避冲突和害怕独立的原因本来就不太想回来；EVA本身作为始祖复制体又对灵魂和生物力均非常饥渴。于是在两者共同作用下，结合碇真嗣内心青春期的躁动，碇真嗣的脑海里被构建出各种鬼畜的融合理由和画面：
结果千钧一发之际碇唯的灵魂出现了，一通好说歹说之后将其踢出初号机，重新在LCL溶液中聚合起独立的形态。（本片不愧为青春期心理学大作，请各位自行脑补小情侣准备融合时老妈开门的画面。）
明日香的母亲情况类似但却简单一些。明日香的母亲是在EVA二号机的插入栓试验中发生了真正的实验事故导致灵魂过度融入。事故中明日香的母亲被成功解救，但却因为过度融入导致部分灵魂保留于二号机躯体内，苏醒后的明日香母亲人类躯体出现精神分裂的症状，最终自尽。但在二号机内的另一部分灵魂则始终被二号机躯体所保留。明日香和二号机的关系在后续明日香章节处阐述。
9，六分仪源堂：
六分仪源堂是野心家，在大学期间由不明途径接触到SEELE及死海文书的机密后，产生了“成神”的计划。
为了进入SEELE，参与造神的研究，他把当时属于SEELE下属科研机构的碇唯追到手并迅速生了孩子，并且为此倒插门把自己的名字改成了碇源堂。之后他在碇唯的引荐下进入SEELE，直接参与了SEELE科研团队在南极对亚当的研究，但在团队试验亚当注射人类细胞之前带着已有资料离开南极避开了第二次冲击（因为他知道贸然将亚当和莉莉丝后裔人类融合可能产生的后果）。之后因为整个南极团队在第二次冲击中死得就剩个家属（葛城美里），掌握大量研究资料的碇源堂被任命为NERV的总司令主导人类补完计划的研究和具体操作。这一系列阴谋最终让他得到莉莉丝本体的控制权。之后他通过NERV安插在SEELE内的间谍加持良治拿到了亚当本体的控制权（在爆炸后退化为胚胎）。
SEELE想要再现的是莉莉丝，因为所有人类灵魂的集合是莉莉丝的灵魂。但始祖的再现有三种情况，一种是只再现莉莉丝（会诱发莉莉丝系的冲击，莉莉丝再现后会回收莉莉丝的全部灵魂碎片并把莉莉丝系生物体全部LCL化），一种是只再现亚当（会诱发亚当系冲击），一种是同时再现亚当和莉莉丝并将两者融合（最大规模冲击，对人类的影响同莉莉丝系冲击）。因为单独再现亚当对人类没有任何好处，故是人类需要制止的情况（却是使徒意图达成的情况）。无论是哪种情况，只要被再现出的始祖获得了生命之树，那那个始祖就会成为神。
六分仪源堂的计划跟SEELE计划不同的地方是源堂要同时再现亚当和莉莉丝，但其中是由他自己冒充亚当与莉莉丝进行融合。为了让自己能冒充亚当，他把亚当的胚胎植入右臂（亚当的灵魂不在此胚胎里，而人类的精神力和生物力均很弱，故不会发生爆炸），还把莉莉丝的灵魂从本体中抽出置入人造躯体内成为绫波丽，带在身边培养感情。在第三次冲击复原莉莉丝容器黑之月后，源堂将用自己的右臂与拥有莉莉丝灵魂的绫波丽融合。融合的理想结果是绫波丽认定源堂是“亚当”，源堂的灵魂窃取了融合后神的灵魂的位置，即源堂自己成为神。
10，绫波丽，零号机和渚薰
绫波丽是碇唯的克隆躯体＋莉莉丝的灵魂。动漫界通称绫波丽是“三无女神”，其实绫波丽真的就是始祖莉莉丝本人。
做为人类始祖，莉莉丝创造了人类但却从未参与过人类的社会生活。所以绫波丽不知道怎么跟其他人相处，不知道如何理解人类的感情，也根本不知道怎么跟其他人进行沟通。她不是冷漠无情，而是处于根本不知道什么是“情”的幼稚阶段。莉莉丝的灵魂本来应该在NERV地下那副巨大的躯体内沉睡，但她却被人类用科技的力量抽取出来置入一副人的躯体内。
碇源堂做这件事情的理由有两个：
- 驯化莉莉丝灵魂使之成为服从他的指示的一个“工具”，以便第三次冲击时莉莉丝能遵从源堂与之融合的请求；
- 在第三次冲击前将绫波丽作为EVA和插入栓系统的试验工具，用于EVA开发早期的数据采集。
- 在早期试探同步率临界线的试验中，莉莉丝的灵魂部分融入了零号机。因为莉莉丝在潜意识中仇恨操纵他的人类，故零号机第一次失控时试图杀死主导莉莉丝相关研究的碇源堂和赤木律子；因为绫波丽是人类用来关押莉莉丝灵魂的容器，故第二次失控时零号机试图杀死绫波丽。但因为零号机没有机会能得到生物力，故两次暴走都被人类通过断电制止。
碇源堂最大的错误是把莉莉丝放进了学校，莉莉丝的灵魂自此有机会接触到了学校里那些单纯善良的灵魂，获得了优质的学习情感的资源。
莉莉丝在与同学的接触中，开始理解并学习掌握感情。她开始感知到碇真嗣对自己的照顾，感知到明日香对自己的嫉妒，也开始感知到碇源堂对自己的利用。她开始尝试沟通，开始主动和别人说话，参与美里家的聚餐，安慰刚被选为驾驶员的冬二，在碇真嗣住院时陪床。随着莉莉丝灵魂的成熟，在第三个绫波丽被制造出来后，莉莉丝已经开始察觉到碇源堂对自己的利用和操控，对碇源堂的感情已经从之前幼稚期被源堂行为引导的“崇拜，感激”变成了“憎恨”（动画中由之前对源堂眼镜的细心呵护变成将源堂眼镜用力捏碎）。当亚当灵魂载体渚薰被人类利用进入最终教条区时，绫波丽体内的莉莉丝灵魂的力量彻底觉醒。绫波丽在此事件中展开了自己作为莉莉丝的A.T field将最终教条区内发生的一切与NERV的监控隔绝，隐晦地向渚薰表达了自己同样作为始祖的立场（我莉莉丝不会被人类所利用）。
渚薰身份背景完全空白，故其肉体应是跟绫波丽一样也是人造人。渚薰的灵魂是SEELE从亚当胚胎上抽取的亚当的灵魂，故渚薰是由SEELE制作出的“使徒”，是地球上拥有亚当系灵魂的最后一个生命体。
渚薰本来应该仅是做为亚当灵魂的容器被SEELE控制在手上的。但SEELE在后期意识到碇源堂的阴谋，并发现亚当胚胎被偷走，为了防止野心家碇源堂成神，SEELE向亚当的灵魂－－渚薰假意投降，承认莉莉丝后裔“偷窃世界”的事实，向渚薰表示“要让生于亚当的生命回归亚当，哪怕人类毁灭也在所不惜”，并向渚薰提供了半真半假的情报：
- 亚当本体处于胚胎状态在碇源堂体内（真）；
- EVA都是亚当的复制体，且因为人类已掌握S2机关故亚当的复制体都有生物力；最终教条区内是制作EVA的原材料，拥有足够制造冲击重生亚当的生物力（由渚薰的行动推知他得知的应该是这些，但这些其实是假情报）；
- 初号机携带有再生生命树必须的生物力（真）。
渚薰之后配合SEELE被当做“二号机替代驾驶员”送进NERV总部，可以和EVA二号机完美同步印证了情报的“真实”和SEELE的“诚意”。在跟碇真嗣搅了一天基后渚薰支配了二号机侵入最终教条区并引诱初号机追击，意图在最终教条区内凑齐引发亚当重生的条件：亚当组件＋激活生命树（朗枪）组件：
- 亚当组件：强亚当生物力（被骗了其实没有）＋亚当灵魂（渚薰本人）；
- 激活生命树组件：2号机（因为渚薰短暂获得生物力，由无电启动推知）＋初号机（吞食过S2机关，也拥有生物力）。
结果渚薰发现在那儿的其实是莉莉丝本体，原来人类把莉莉丝也控制了，那莉莉丝的灵魂很有可能也在这儿（绫波丽此时展开了莉莉丝的A.T field向他印证了这一事实的存在）。渚薰意识到SEELE的妥协计划并不只是让亚当引发冲击毁灭人类文明，而是让冲击再现莉莉丝的容器“黑之月”，让莉莉丝和亚当一起在黑之月中重生，这样虽然重生后的始祖也拥有亚当的灵魂，但莉莉丝的灵魂碎片也会因为莉莉丝的重生而融合，故实际上仍能达成人类的补完计划。渚薰虽然是亚当灵魂的立场，而且此时他仍可发动冲击（只要有始祖级别生物力存在就可以发动），但他因为和碇真嗣的友情产生了对人类的好感，认为像碇真嗣这样的好人有继续独立存在下去的权利，并不需要所谓的融合，更不应该被毁灭。于是渚薰终止引发冲击，并要求碇真嗣将自己杀死，因为自己不再想被人类利用下去，躯体被杀死反而可以让自己的灵魂自由。碇真嗣思考了一分多钟后最终站在“为了全人类”的立场上决定杀死这“最后的使徒”，却因此对驾驶EVA保护人类产生了深深的厌恶，对自己产生了深深的自责。因为灵魂是不灭的，渚薰死后亚当的灵魂留在了最终教条区，并最终参与了始祖的重生。
在第三次冲击发生后，容器黑之月已经再现，碇源堂要求莉莉丝与其融合，但莉莉丝吞噬了碇源堂的右臂（拿走亚当的肉体相当于剥夺了碇源堂成神的本钱）后将碇源堂排斥，选择去融合生命之树内的碇真嗣的灵魂。因为亚当灵魂也在最终教条区内且源堂带入了亚当的本体，故亚当同莉莉丝一起在黑之月中重生。重生的亚当和莉莉丝灵魂和躯体均已融为一体，新生的始祖融合了生命之树，成为真正的创世神。生命之树内的碇真嗣灵魂因为碇唯灵魂的挡枪被维持了独立性，也与两个始祖的灵魂融为一体，始祖的灵魂与碇真嗣的灵魂针对再创世之后生命存在的形式展开了深入的对话。碇真嗣最终意识到虽然相互独立让灵魂之间产生隔阂和误解，但全部融合为一却并不是自己想要的。自己虽然在与其他灵魂的交往中经常受伤经常痛苦，但他仍希望能有其他灵魂和自己一同分享整个世界。承认个体存在的意义包含着承认自己独立存在的意义，故碇真嗣终于找到了自己存在的理由，即根本不需要理由。讨论的结果是创世神的肉体再次溶解，灵魂再次分裂，灵魂碎片之间将再次出现屏障（A.T field）使相互之间可以维持独立。在创世神倒下的那一刻，最认可自己独立存在意义的灵魂会最先凝聚起自己的物质形态，成为出现在生命之海岸边的最先独立的人。
11，明日香：
明日香是SEELE选出的二号机的适格者，她和二号机同步率超级高的真正原因是因为二号机内有她母亲的一部分灵魂。但是她自己并不知道这一点（SEELE也不知道这点），她以为自己适合驾驶二号机是因为自己是个天才。因此明日香骄傲自负，但因为她的母亲在她童年抛弃了她选择自杀，明日香在这种自负的背后其实是极端的自卑。“自己本来应该跟母亲去死的，但是因为自己是天才所以得到了所有人的认可，得以驾驶人类顶级武器EVA保卫人类。既然如此则更要继续证明自己的优秀，因为优秀就是我存在的意义”－－这种逻辑成为了明日香认可自我存在的思维环路，也促使她屡屡挑战最艰难的任务。但是在与力量强大且未知的使徒们的战斗中，明日香做为“最优秀的人”却需要和碇真嗣这种“最白痴的人”合作才有机会击败使徒。之后她经历了被碇真嗣救命，经历了战斗表现被碇真嗣碾压，更是让她对自己是否真正优秀产生了质疑，而她则用不断否定和讽刺碇真嗣的方式来打消自己这种质疑。碇真嗣对这种否定和讽刺的反抗让明日香与他冲突不断，而他们在日常生活中的冲突本身则不断向她证明她和碇真嗣本质上根本没有区别（同学们甚至把他们认定成为情侣）。明日香最终把一切冲突的原因都归结于自己的母亲自杀给自己留下的阴影，将对自己的不满转化成了对所有人的憎恶，对自己母亲的憎恶在其中又最为强烈。这一憎恶最终导致明日香在后期试图同步二号机时与二号机内其母亲的灵魂产生了严重的排斥，致使明日香一度完全无法同步二号机。而无法驾驶二号机则成了压垮明日香自我认知逻辑的最后一颗稻草－－她不再优秀，已经丧失了存在的意义。明日香自此崩溃，走向自我毁灭。
第三次冲击发生前夕，SEELE操纵联合国军进攻NERV总部，明日香被塞进二号机沉于湖底隐蔽，结果被军队发现。军队投放深水炸弹攻击二号机，明日香在自己无法操纵的铁棺材里坐以待毙。陷于恐惧的她不断表达着自己的求生欲，终于她发现自己的求生欲开始被二号机响应，响应她的居然是自己的母亲。
明日香终于意识到母亲并未抛弃自己，而是在二号机里始终保护着自己，她的存在也不是因为自己最优秀能够驾驶EVA，EVA响应她也不是因为自己是个天才。这一切都是因为她母亲对她的爱。找回母爱并打破了自我认知环路的明日香找回了自信，也找回了灵魂的独立与自由，成为了无惧一切的“最后的战士”。她以独立灵魂强大的求生欲对抗着所有的EVA量产机并一度占有优势（EVA量产机和二号机均为亚当复制体，但EVA量产机带有S2机关，生物能被高度激活，二号机则并没有S2机关，是技术相对落后的版本。此处动画意在体现人类灵魂中求生欲的力量）。最终二号机因为不具有S2机关战败于电能耗竭。二号机躯体随后被量产机们肢解，明日香的灵魂也和普通人一样在第三次冲击中做为灵魂碎片与新诞生的始祖融合。
随着之后的再创世决策中碇真嗣决定重新让灵魂分裂，明日香的灵魂做为第三次冲击前拥有最强独立存在意志的灵魂碎片在第一时间汇聚起物质重生于生命之海。和她几乎同时出现的碇真嗣真的是被明日香欺负怕了，难以忍受明日香折磨的碇真嗣想要像梦里一样掐死明日香。明日香却抚摸了碇真嗣的脸颊，表达了她对碇真嗣的理解。最后那句“你真恶心”，是一个勇者的灵魂对一个懦夫的灵魂的嘲讽。碇真嗣知道自己选择了灵魂独立就不能再惧怕人与人之间的冲突和误解，最终选择接受明日香和自己一同存在于新的世界。
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完。
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3P：鉴于一些读者对“明日香是否已经补完”和“碇真嗣掐死明日香”这一段的理解有疑问，在此补充我的解读。还是重申下面的话是我自己的理解。我的理解可能跟你们不一样，你们问我的解释我就说给你们听，我不强求你们接受。
明日香是个天才，但“是天才”不是她存在的理由。她对自己存在的错误认知导致了她的崩溃。她认为只有天才才能驾驶EVA，但实际上能不能驾驶EVA跟是不是天才一点关系都没有。说简单点，人活着的意义是因为“聪明”吗？不聪明的人做为人类就天生比你劣等吗？那有一天你发现了更聪明的人，或者你发现自己不再足够聪明的时候，你是不是就失去了活着的意义，是不是就该去死呢？这是动画想讨论的问题。明日香能重生，是因为她跳出了错误的自我认知环路，重新找回了存在的意义（有人比我强我也一样有理由活着，因为我始终被爱着，永远都不会缺乏存在的理由）。
所谓的“补完”，是把脆弱的人类补完成强大的莉莉丝。这个补完一度完成了，但在碇真嗣主导灵魂再分裂后这个事就算彻底黄了。灵魂分裂后有最强独立存在意志的一拨灵魂碎片会自行汇聚物质在生命之海重生，成为第一代人类；剩下的灵魂碎片没有足够强的独立意志，那就在海里泡着，等着人类繁衍过程某个妈把他生出来，生出来后他自己的心智能不能在人生中自己健全是他自己的事。从这个意义上讲没有人被补完了，只要还是人就不是补完态。
再说碇真嗣掐明日香那一段是什么意思。
“掐死明日香”起初是碇真嗣在灵魂融合后潜意识里的场景。碇真嗣因为童年被抛弃的原因导致潜意识里害怕被所有人抛弃，于是想要明日香接受自己，却遭到了“他想象中的”拒绝，然后愤怒动手。但这是碇真嗣潜意识里他自己演习出来的场景，事实上明日香真的会拒绝吗？并不一定，你不问她永远不会知道。但他预想到了最坏的情况就根本不敢去问了，这就叫因为害怕冲突回避人际交往，就跟不成熟的男孩害怕自己表白被拒，不想着怎么能增加互相了解增进两人感情，而是索性不表白了，甚至远离自己喜欢的女孩回避潜在的伤害一样。
碇真嗣在第三次冲击时看着被撕碎的二号机碎片大声惨叫，说明他的内心是在乎明日香的。但在重生后看见明日香活了他不但不感到欣喜，反而立刻就发觉他有可能在之后和明日香的互动中被拒绝。他不想着如何克服对潜在冲突的恐惧，和明日香沟通和表达感情，而是脑子里警报一响，“索性趁明日香还没恢复意识把她掐死这样就没这摊子事了！”。这是个非常懦弱的表现，完全不应该出现在已经主导灵魂再分裂的碇真嗣身上。明日香爱抚他，说明明日香已经有足够的自信去敞开心扉理解他人；说他恶心，则是在说“你孤独时候想要其他人陪伴，其他人来了你又害怕冲突而回避接触；神你也当过了，灵魂分裂也是你自己说想要的，经历了这么多你理应成熟了，怎么现在却还是这个鸟德行”。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：九千步
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