在人们的心目中，宗教改革运动和文艺复兴应该是携手并进的，两者都打破了教廷神圣不可侵犯的地位，都解放了人类的心性，把大写的人从神学愚昧的桎梏中解放出来。
在威廉·曼彻斯特看来，事实并非如此，他甚至认为是宗教改革运动及其引发的不宽容的社会氛围，以及接踵而至的混乱、争斗乃至杀戮，毁掉了文艺复兴。他在其讲述中世纪思潮与文艺复兴的《黎明破晓前的世界》一书中写道，宗教改革运动所产生的各种新的教派，都有自己崇拜的教义，都像罗马教会那样无法包容他人的教义，都像天主教一样专制。
马丁·路德之所以能创造历史，是因为他是一个原教旨主义者和耿直 boy，而不是因为他的博学和宽容，因为有着这样特点的人往往成不了大事。路德有着很强的信仰，受到纯粹的、新发现的基督教精神所驱使，任性、固执但无私，非常反对赎罪券在内等一切象征教廷腐化堕落的行为——他的虔诚是直接献给上帝而非教皇的。
但路德同时藐视知识和艺术，认为来自古希腊和罗马传统的知识充满异教气息，而受天主教会和贵族赞助的文艺复兴艺术则有着奢靡的味道，对人们纯洁的心灵构成了威胁。最令当时的知识界感到难堪的是，路德所使用的语言非常粗俗，充满污言秽语，经常使用充斥着“大便”“粪坑”字眼的布道来阐明他与“恶魔”的战斗。然而，这一切对底层人民来说充满了吸引力。
与马丁·路德相比，教皇利奥十世则显得宽容和有教养得多了。他是美第奇家族的族长，是文艺复兴运动的主要赞助者之一，酷爱文学艺术，尤其对古典文学情有独钟。他自己就是位诗人，在对待文学上也足够包容，当读到著名的人文主义学者伊拉斯谟针对他的讽刺作品时，也只是一笑置之。
总体而言，梵蒂冈支持并赞助人文主义者搜寻遗失的古典文学，前提是这些文学是要用拉丁语和希腊语写的。大体上当时的知识分子能够自由写作，当然前提也是要用拉丁文写作。教廷对“拉丁语”的执念来自于这样一个判断：只要采取拉丁语形式，文艺复兴运动分子的作品就不会在目不识丁的大众中引发骚动。
以伊拉斯谟为首的作为知识分子的思想家们，通过揭露罗马的腐败，抨击中世纪迷信的大行其道，为宗教改革铺平了道路。然而以路德为首的热血沸腾的改革运动分子们却没有知恩图报。相反，他们认为上帝用简单的、人生来就懂的语言直接和人交流，而且真正的基督徒是鄙弃文学的，甚至是鄙弃阅读和写作的。
与狂热的行动派马丁·路德相比，伊拉斯谟过于高估逻辑的力量，认为受过教育的人都是理智的。他不支持路德的分裂主义极端路线，而更愿意采取一种调和主义的路线。尽管他私下认为传统的宗教只是迷信的东西，但他又想不出能够替代罗马信仰的新规则，来规范社会制度和个人道德。因此，他相信如果能够运用自己的智慧来改变天主教的一些缺陷，就能矫正天主教。
伊拉斯谟注定两边都不讨好。当伊拉斯谟声称“礼仪和仁慈”可以实现一切时，路德斥责他为不切实际的梦想家。其他的马丁派教徒比他们的领袖对伊拉斯谟更为刻薄。一些人称他为叛徒，一些人把他叫做领取教皇工资的梵蒂冈走狗。而反启蒙的天主教神学家也早已经对他完全失去了信任，他们将路德的叛教归结到他头上，怀疑他是路德的代言人。来自双方的敌视与日俱增，因为尽管他没有放弃罗马教廷，却也在一直建议天主教改革，与此同时也一直在批评那些藐视教廷的人。
和伊拉斯谟一样，尽管多数人文主义学者赞同宗教改革，但并不认同新教关于宿命论、地狱、恶魔和超自然的神秘观点。在他们看来，这些是中世纪落后的反动思想的象征。路德的一位崇拜者写信给他说：“基督教并没有教你这些诸如‘反基督’、‘妓院’‘恶魔网’‘粪便池’以及其他闻所未闻的大逆不道的词语，更不用说你威胁使用刀剑、流血和谋杀等手段。”
事实证明，路德的正义感是选择性的。路德尽管对被自己鼓吹的教义“煽动”起来的农民暴动不满，但最初对这种矫枉过正的新教极端行为也保持了沉默。这对他曾经的人文主义同路人来说是个不好的征兆。把反对者打成异端、藐视学问、焚烧宗教作品、将古典艺术称为异教而加以排斥，以及采用野蛮的教皇式的独裁手段——烧毁书籍、逐离教会甚至判处火刑，这些行为使得一开始支持路德的人文主义者逐渐疏远了他。这反过来引起宗教改革分子的愤怒和报复。
在宗教革命打响之后，欧洲各地的人文主义者就成了一方或另一方甚至是双方的牺牲品。理智本身就让人起疑，容忍被看成是背叛的表现。路德们受到腓特烈三世和新教卫队的保护，天主教徒可以在修道院、教皇国或神圣罗马帝国众多的圣殿中获得庇护，而知识分子通常没有任何庇护者，甚至有一段时间似乎所有人都针对他们。很少有人在这场混乱中幸免于难，其中有些人如伊拉斯谟选择四处逃亡，一些人被处死，其余的虽然在各种折磨中幸存，但身心被严重摧残。启蒙的、包容的文艺复兴运动就这样被偏执的、充满仇恨的、甚至在很大程度上是反智的宗教改革运动摧毁了。
在宗教改革的废墟上崛起的是王权和民族国家。从一开始，有不少来自统治阶级的路德支持者之所以选择反对罗马教廷，主要不是因为理念之争，而是由于经济利益的驱动。在德国，贵族表现得非常积极，在宣布脱离罗马教廷后，他们的第一条法令就是重新分配辖区内的教会财富，包括土地和修道院。一夜之间，德国很多诸侯的税收都大幅增加。而且在教皇的代理人被驱逐出境后，他们开始自己任命行政人员，从而提高了其在臣民中的威望。王公贵族们第一次在与教皇的博弈中占了上风，这成了民族国家的诞生的催化剂。
为了讨论宗教“宽容”，统治阶层在整个 16 世纪召开了各种帝国议会和大公会议，最后终于认可了教会的分裂。然而对于被统治者而言，他们只能接受其所在区域统治者的选择，所谓宗教信仰自由还是几个世纪以后的事情。
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题图来自 wikipedia（有裁剪）
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