首先，我们要明确一个概念，NADH、ATP等一系列“供能”化学物质在生命活动中的本质是什么？这可以参考我之前的一个回答：
喵大侠：ATP（三磷酸腺苷）释放出来的能量是以什么形式释放出来的？
那么，这些生物体内能量流动的货币是如何产生的，就是包括题主在内的很多人疑惑的点了；而实际上，之所以认为生化是噩梦，我觉得这凌乱的糖代谢网络至少贡献了一半（另一半大概是酶学和酶反应动力学吧）；
那么有没有几个关键的节点，可以让我们更好地理解生命系统中的能量流动？
很幸运，确实有这么几个关键的节点；
首先来让我们回忆几个生化中很有意思也使人痛苦的途径与循环：
第一个，磷酸化有几种形式？
你一定能够熟练地记起，光合磷酸化、底物水平磷酸化、氧化磷酸化；
其中，氧化磷酸化是我们所说的呼吸作用的一个关键环节，它的上游是电子传递链，也就是呼吸链——无数条分解代谢的途径为呼吸链和氧化磷酸化（统称生物氧化）提供动力，其中包括了三羧酸循环、糖酵解途径（EMP）、磷酸戊糖途径（HMP）、脂肪酸氧化、ED途径、乙醛酸循环、各种无氧呼吸等等；
之后就是大名鼎鼎的电子传递链和氧化磷酸化了，图是网上随便找的，电子传递链产生质子梯度，根据化学渗透学说的一系列实验证明，ATP合酶可以利用质子梯度进行ATP的合成；
回过头来看另外两个磷酸化方式，底物磷酸化是反应中有着ADP的参与并接受磷酸基团变为ATP，而光合磷酸化可以看做一系列光复合体吸收光能制造质子梯度（当然无论是哪个磷酸化中间都有个电子传递的过程），也是相似的。
第二个问题，提供给光合作用光反应能量的是光子，那么提供给呼吸链能量的是什么呢？
很显然是NADH和琥珀酰辅酶A，当然还有三羧酸循环中产生的FADH2，这些重要的中间体就是我们理解这个生化过程的关键节点；
放远了看，从糖开始，先是麦芽糖蔗糖乳糖甘露糖等……历经各种各样的反应产生了果糖-6-磷酸，而后经由糖酵解途径产生乙酰辅酶A和NADH，随后乙酰辅酶A进入三羧酸循环，产生各种xxDH，还有个底物水平磷酸化产生了GTP；这是经典的供能途径。
ED途径是简化的EMP途径，最终产生的还是乙酰辅酶A和NADH；
脂肪酸β-氧化，先耗能形成脂酰辅酶A，随后在线粒体基质中进行一系列的氧化过程产生FADH2、NADH和乙酰辅酶A，（奇数脂肪酸产生丙酰辅酶A后转化为琥珀酰辅酶A）随后乙酰辅酶A进入三羧酸循环……
脂肪酸的α-氧化和Ω-氧化，无需形成脂酰辅酶A，不消耗ATP但也不产生ATP，不做讨论；
其他的途径虽然也可以供能，但往往是为了提供一些细胞在不同时期需要的化合物，比如磷酸戊糖途径提供5-磷酸核糖和NADPH（NADPH可以通过转氢酶形成NADH进入呼吸链）；
到第二问，这个问题就可以基本解决了，如果想要延伸，还可以继续探究光和磷酸化等相关的内容，但就超过了本题“呼吸作用”的限定；
总结如下：
糖——6-磷酸果糖——丙酮酸——乙酰辅酶A——三羧酸循环——呼吸链——氧化磷酸化；
脂肪酸——脂酰辅酶A——乙酰辅酶A——三羧酸循环——呼吸链——氧化磷酸化；
糖——6-磷酸葡糖——核糖、NADPH——转化——呼吸链——氧化磷酸化；
获能本身很简单，氧化磷酸化而已，但获能之前的准备却是极为复杂的，但就这一个问题而言，糖酵解、脂肪酸氧化、磷酸戊糖途径和三羧酸循环都可以拿出来说一说的。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：喵大侠
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