（超多图预警~这次侧重1990~1996年游戏原案黑历史）
勉强回答一下：
Pokemon最初灵感源于田尻智对于童年“收集昆虫”的经历，游戏策划原案叫做《胶囊怪兽》，侧重怪兽交换和战斗，但是养成元素弱，而买卖元素重，世界观也相对黑暗。后来经过团队修改，增加了更多设定，逐步完善之后，成为现在的Pokemon系列。
最初策划案在1990年由Game Freak的负责人之一——田尻智提出，名字叫做《Capsule Monster》:
Capsule Monster，就是本义——胶囊怪兽，是对于“捕虫游戏”的一种萌化和电子化，将昆虫收集推广为各种架空世界观中怪兽的收集，保存在可以任意伸缩大小的胶囊（后来演化为精灵球），相互携带、交换和对战。
不过Capsule Monster（胶囊怪兽），原先的简称capmon，和著名游戏厂商CAPCOM太过相近，所以为了避免相关问题，改成了现在的Pokemon。
尽管名称上改变很多，初代的《胶囊怪兽》原案的核心思想和很多设定还是沿用到了现在的Pokemon系列之中：
胶囊怪兽，顾名思义，就是以胶囊型的压缩形态存储各种的“小怪兽”，之后这些“小怪兽”进行交换和对战。
最初在设计稿中，这些小怪兽甚至连进化都不多，而且形象上也与现在大相径庭，并不算很萌，而且养成要素很弱：
原案中虽然养成要素弱，但是交换性极强。因为本身来源乡下的捕虫和交换活动的电子化，游戏本身非常强调交换性。游戏过程中，不仅仅与NPC，而且支持和好友之间的不断交换。正是因为这个要素，所以之后历代Pokemon都以双版本发售，并有版本限定精灵，鼓励并强调交换，而强化游戏社交性。
但是，早期的交换中，设定是比较黑暗的，从原案的设计图中，我们可以看到人类和精灵之间的光系并不和谐，关在笼子里，放在瓶子里，甚至支持精灵买卖和现金交易，通过直接购买的方式，从商店购买精灵。
然而，确实和初代受众（小学生为主）的定位略有不足，所以强化了养成，淡化了交易，现在只有在赌场等少量场合可能通过非正常捕捉方式换到精灵。关于“怪兽”本身的设定，基本都是这么来的，再说地图和世界观。
而关于Pokemon的世界观设定，则基本参照了日本关东地方的地图，比如真新镇的位置对应就是策划人田尻智的故乡——下田市（确实算是乡下）：
整个初代地图相比于最初1990年原案而言变化不大，除了紫苑镇（鬼塔和各种都市传说集中的城市）之外，地图上所有城市都对应日本关东地区的城市。（换言之，紫苑镇是唯一名副其实的鬼城，地图完全架空，在现实世界没有对应地点）
虽然，城市方位和初代地图基本完全一致，不过似乎场景设计上，也并不完全一样。下图是城市场景设计图：
仔细回想下关都地区，有水域的城市并不多，只有华蓝市、浅红市等少数几个，都没有喷泉、水池。
下图则是“旅馆”的原案，不过这个场景之后并没有出现在游戏、动画之中，不过之后应该变成了“精灵中心”：
最初游戏设计稿中，这是每一个城市中训练师休息的地方，训练师在此等级、入住、休息，应该是最初对于精灵中心的构想原型。
不过原案中还是大量内容，通过修改的方式继承到了游戏中，比如图中红色部分应该就是紫苑镇的精灵塔了：
继承到了游戏之中，还有就是蓝色部分标注的“拉普拉斯”（乘龙）原案，已经是描述冲浪术的部分，除了形象上的优化之外，也带到了游戏中。
现在，有了捕虫为原型的游戏和交换机制，设计出了以日本关东地区为原型的地图，下面就是精灵的图鉴部分和战斗系统了：
这一部分显然是比较费时费劲的，初代的数值系统比较特殊，相对而言算是比较“简陋”的，当时只设计了“五维”数值，用“特殊”（决定特殊攻击威力），特攻特防不分家，所以一世代种族值相对特殊。
战斗系统则基本是最接近最终发售版本的系统，大致和同时结合了“捕获”和“战斗”两种情况，捕获和战斗不能都会导致战斗界面结束。
所以，初代的设计，大致是从捕虫的灵感，结合养成和交换的机制，来源于战后日本的社会和关东地区的地图，以及基本的五维数值和战斗系统逐渐构成一个游戏系列的。
游戏的模式上，基本借用了传统JPRG的“踩地雷”机制遇敌，回合制战斗为核心的机制，这一部分原创性不强，基本是日式角色扮演类的底子：
游戏上算是一种比较另类的“开放世界”，以道馆和秘传技卡进度，加上一些解谜类小游戏推进主线（类似推石头、冰天地等等），剧情元素大为淡化，侧重交换、收集、捕获和养成。
有趣的是游戏原案中这一段游戏开场动画，一直延续到今天，成为一段经典的游戏过场。
另外，题主问到“最早设计出来的精灵是哪一只”，现在公认最早被设计出来的精灵是——钻角犀兽（民间俗称的铁甲暴龙）：
这个是比较公认说法，得到多方面线索的佐证，一方面，钻角犀牛（铁甲暴龙）在游戏内的代码编号是“001”（注意是游戏代码而不是图鉴编号），这是第一个被编程编入游戏内的精灵。
另一方面，也出现了最初主角出门的原案中，但是显然这一点后来被修改，御三家中没有钻角犀牛（铁甲暴龙）。
这一说法同时得到了Pokemon系列早期设计团队的核心成员——杉森建的确认，采访中他承认钻角犀牛（俗称铁甲暴龙）是最早设计出来的精灵：
杉森建是田尻智好友，也是Pokemon系列角色设计的负责人，在四世代之前，负责了绝大多数设计和插画工作。根据他在采访中的说法，最早设计出来的三只精灵为钻角犀兽（铁甲暴龙）、皮皮和拉普拉斯（乘龙）。其中，当时准备让皮皮担任系列主角的吉祥物（而非现在的皮卡丘）。
以上是游戏原案相关的内容，从一个“捕虫民间游戏”的灵感，变成了一个完整的电子游戏，优化形象之后变成现在的Pokemon。而更多设定上的“坑”，是由日本编剧首藤刚志完成，是TV版的系列构成，构筑了一个相对完整的世界观设定：
他的最初设想除了网络专栏之外，还写有小说《Pokemon: the Animation》。可惜的是，这部小说一共只有两卷（《启程》与《伙伴》），甚至在第二卷最后还有第三卷展望，但是就这样没了。剧情只写到了枯叶道馆战结束的石英联盟前期剧情。
不过，小说的设定是很完整的，里面每一章附录后面都有详细的世界观补足，比如：
1.“七日创世传说”（Pokemon是唯一一个可能不受人类节制而创造出来的产物）
2.“携带兽学（Pokemon学）发展历程”（从塔基林伯爵到大木博士）
3.“曾根崎正辉在Pokemon学术大会期间接到的危险警告邮件”（警告Pokemon泛滥会造成精灵起义的后果）
4.“孟德尔教授反对精灵进化学说的演讲”（认为精灵只有“变态”没有“进化”）
5.“道馆馆主公务员化决议的白皮书”（国家为了培养具有战略意义的训练师，给予小城市道馆馆主一定补助）
6.“政府维稳而取消Pokemon全球传输网络价格上调”（全球网络的发现和后期价格上升）
等等等诸多设定。（限于篇幅这里就不展开小说最初这个黑历史了）
但是，这个世界观原案并没有完全继承到动画中。这个世界观完备的原案原型来自于战后日本，所以有种骨感的现实，某种意义上被迫走上小智，为了维系道馆存续小刚的妈妈连续嫁给9个男人，须发皆白却一无所成最终没能通过体检流落街头的老年训练师，这些都被动画刻意忽略掉了，还有那个留下多处伏笔而没有兑现的精灵造反的结局。
后世代的游戏基本继承初代的这些思路，但是不断完善机制、拓展图鉴，如二世代特攻、特防分离，如三世代的华丽大赛和秘密基地，如四世代的技能特殊/物理不再由属性决定，如五世代中的隐藏特性、六世代的MEGA进化、七世代的Z招式与地区亚种等等。
后世代的动画则基本脱离原设定，重新构筑世界观，原创Pokemon世界文字等，逐渐脱离现实世界，塑造一个美好的乌托邦世界，很少涉及精灵主体意识和人类冲突等主题。
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来源：知乎 www.zhihu.com
作者：疯癫的A兵者
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